Banjo-Tooie es la secuela del juego en donde han transcurrido dos años después de la derrota de Gruntilda, quien fue atrapada accidentalmente bajo una roca al caer de su castillo en el primer juego. Klungo, su sirviente, intentó sacarla durante dos años sin tener éxito. Pero dos de las hermanas de la malvada bruja llegan a la Montaña Espiral, con el manejo de un vehículo excavador para rescatarla. Mientras tanto, en la casa de Banjo, éste, Kazooie, Bottles y Mumbo Jumbo juegan cartas, juegos en los que Kazooie hace trampa. En un intento por hacer trampa, Kazooie les dice a todos que Gruntilda está afuera de la casa por lo que todos voltean y les roba el dinero. Después de unos temblores generados por el vehículo de las hermanas de Gruntilda, deciden suspender por un momento el juego.